CDC Biodiversité est intervenue très en amont de l'attribution de la concession, là encore dans le cadre d'une mission elle-même très en amont pour Réseau ferré de France (RFF), alors que le projet n'avait pas du tout fait l'objet d'une concession. Cette mission d'expertise et d'orientation était donc destinée à l'État, qui était le maître d'ouvrage.