Sur la situation de l'outremer et sa relative autonomie par rapport au système Schengen, en termes de contrôle et de délivrance des visas, il faut néanmoins noter la mise en oeuvre de la biométrie qui reste un élément de sécurisation et de contrôle indispensable. Ensuite, les situations varient selon les territoires en question et les pays d'origine des ressortissants qui aspirent à y rentrer. Pour preuve, on a souhaité alléger les procédures des ressortissants indiens et chinois à destination de la Réunion ou de la Polynésie, alors qu'a contrario, ces mêmes ressortissants, pour leurs déplacements en métropole, sont soumis à des obligations de visa sans exception possible.
Dans le système antérieur, Frontex intervenait en qualité de re-financeur d'opérations intégralement organisées par les États membres, dans la limite de ses moyens. Avec le nouveau règlement et les nouveaux moyens financiers et humains dont elle dispose, l'agence se voit dotée d'une capacité à opérer elle-même ce type d'opérations en cas de nécessité. Il lui est ainsi possible d'affréter des moyens de transports et de fournir des personnels pour mettre en oeuvre l'opération de retour. Pour autant, il ne s'agit pas d'une autonomie totale, mais l'agence met ses capacités renforcées au service des États qui éprouvent le besoin de telles opérations. En d'autres termes, on ne reconnaît pas à Frontex la possibilité de décider de l'éloignement d'un ressortissant étranger vers un pays tiers. En ce qui concerne l'évolution des pouvoirs reconnus aux agents intervenant sous son égide, plusieurs évolutions sont à souligner. Contrairement aux systèmes précédents et suite aux difficultés éprouvées en Grèce, les agents de Frontex vont pouvoir accéder aux bases nationales de l'État hôte de l'opération qui les accueillent. Le règlement de Frontex, dans la limite de ce qu'acceptent les systèmes juridiques nationaux concernés, accorde aux experts Frontex une capacité autonome pour les contrôles et les escortes, hors supervision d'un officier local. Pour autant, il importe de mettre en oeuvre ces nouvelles prérogatives en tenant compte des législations et de la souveraineté des États hôtes. Ainsi, en France, une telle habilitation ne permettrait pas d'aller au-delà d'un contrôle de première ligne, au risque de heurter la souveraineté nationale.