Le CNPN a d'abord donné un avis favorable au projet, en marquant certaines réserves au sujet des ouvrages de transparence. Des négociations ont eu lieu entre COSEA, concepteur de la ligne, et les associations pour déterminer quels ouvrages étaient les mieux à même de favoriser la transparence et de répondre aux exigences des arrêtés. Le CNPN a ensuite rendu un avis défavorable sur les réponses qui avaient été données aux réserves précédemment émises. À la suite de cet échange, la direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement (DREAL) et le ministère ont proposé des arrêtés qui ont été publiés en décembre 2012.