a) En ce qui concerne la modification de l'équilibre institutionnel, le service juridique du Conseil fait observer :
- que les accords interinstitutionnels prévus par les traités doivent être conclus entre le Parlement, le Conseil et la Commission : un accord conclu entre deux institutions seulement porte atteinte au principe de coopération loyale entre toutes les institutions, et altère nécessairement l'équilibre entre celles-ci tel qu'il résulte des traités ;
- que l'accord-cadre « tend à limiter l'autonomie de la Commission et de son Président », notamment en ce qui concerne le pouvoir d'initiative législative de la Commission, alors qu'il s'agit d'« un des principes centraux des traités ».
- que le principe d'« égalité de traitement » entre le Parlement européen et le Conseil n'a pas de base dans les traités et ne saurait donc fonder de nouveaux pouvoirs du Parlement vis-à-vis de la Commission, spécialement dans des domaines pour lesquels le Conseil a des compétences spécifiques.
b) En ce qui concerne l'octroi au Parlement européen de pouvoirs non prévus par les traités, le service juridique du Conseil met en cause :
- les dispositions de l'accord-cadre portant sur la transmission d'informations confidentielles ;
- le droit d'accès du Parlement à des informations concernant les procédures en manquement à l'encontre des États membres ;
- les dispositions portant sur l'association du Parlement européen aux négociations internationales, en particulier la participation d'observateurs du Parlement européen aux réunions de coordination internes de l'Union ;
- la présence d'experts du Parlement européen lors des réunions entre la Commission et les experts nationaux préparant les mesures de mise en oeuvre du droit de l'Union, alors que « le Parlement européen ne jouit d'aucune compétence en matière de mise en oeuvre du droit de l'Union » ;
- l'audition par le Parlement européen des candidats aux postes de directeurs exécutifs des agences de régulation.