Les services de l'État sont à même de partager le constat dressé par la chambre d'agriculture, qui peut fort heureusement s'expliquer.
Deux difficultés majeures sont apparues en Indre-et-Loire, mais également dans d'autres secteurs, sur la partie sud du tracé. Il s'agit d'une part des difficultés pour assurer les continuités d'accès aux exploitations et les rétablissements en phase de terrassement, mais également du bétonnage des fossés, qui n'avait pas été identifié comme aussi conséquent au début des études.
Ceci s'explique par l'application des référentiels ferroviaires, qui imposent ce bétonnage dans un certain nombre de cas. Ce n'est qu'au moment des études détaillées du projet que ces critères ont pu être mis en oeuvre et que le bétonnage a pu être quantifié.
Un fort bétonnage des fossés peut avoir des conséquences sur l'accélération des eaux de ruissellement et sur les dispositifs de raquettes de diffusion des eaux. Ce problème a été accru par le fait que les années 2013 et 2014 ont été des périodes de fortes précipitations, d'où des quantités d'eau relativement importantes sur les terrains agricoles.
Le constructeur, COSEA, a essayé d'apporter le plus d'éléments de réponse possible à travers la mise en oeuvre de dispositifs provisoires, afin d'empêcher le ravinement des terrains agricoles, et a revu les dispositifs initialement dimensionnés.