COSEA y est également sensible et a intégré toutes les préconisations formulées par l'État, en collaborant avec tous les partenaires capables de mener des expertises, notamment pour améliorer la transparence des ouvrages afin de préserver la petite faune ou les zones d'habitat naturel à enjeux. Cinquante-sept ouvrages ont été adaptés en faveur de la petite faune terrestre et semi-aquatique.
COSEA a bien su prendre en compte les améliorations souhaitées. Il existe donc un véritable dialogue. COSEA n'impose pas nécessairement sa loi ni sa lecture de la conduite des travaux. Tous les aménagements qu'il a fallu entreprendre sur les ouvrages ont donc bien été réalisés et pris en compte par COSEA.