La Marine nationale ne coordonne pas l'action de l'État en mer, c'est l'affaire du préfet maritime et du secrétariat général de la mer.
Juridiquement, c'est l'agence Frontex qui sollicite la participation des États membres aux opérations qu'elle décide. Concrètement, une sorte de « bourse de moyens » se tient deux fois par an à Varsovie, où les États membres annoncent les moyens qu'ils mettent à disposition de l'agence. Ensuite, chaque opération est déléguée à un État hôte qui la coordonne en tout point. En zone Indalo, par exemple, les opérations sont coordonnées par l'Espagne qui a signé des accords avec le Maroc et l'Algérie. Lorsque nous engageons des moyens, l'Espagne nous assigne une zone de patrouille, nous mettons en place notre dispositif de surveillance et c'est l'Espagne, sur la base des informations que, parmi d'autres, nous lui communiquons sur cette zone qui décide des suites, conformément au droit international, aux accords avec ses voisins du Sud et à l'opportunité. L'opération Triton, elle, est coordonnée par l'Italie et, concrètement, le centre italien de coordination de sauvetage maritime est informé des embarcations en détresse - et ce sont les Italiens qui, selon les conditions météorologiques, le type d'embarcation, la détresse, décide de l'intervention pour conduire les naufragés vers le port de déroutement, généralement italien. Un véritable trafic existe au large de la Libye, avec une méthode éprouvée consistant à envoyer des embarcations de misère au large des côtes, pour appeler aussitôt les secours européens.