Concernant l'état initial, la commission avait qualifié le diagnostic d'insuffisant. Or, le diagnostic initial contribue à la compréhension du fonctionnement hydrologique et biochimique de l'hydrosystème et est donc indispensable à la bonne évaluation des impacts liés à la perturbation du projet et à la bonne évaluation des besoins de compensation.
Concernant les fonctions hydrologiques, l'arrêté de 2008, modifié en 2009, avait effectivement cadré sur les aspects pédologiques et botaniques la caractérisation des zones humides et trois types de zones humides avaient donc été identifiés. Mais nous avons déploré l'absence de suivi hydrologique sur un projet aussi ancien, d'une cinquantaine d'années, et aussi que l'on fasse référence à des mesures éloignées du bassin versant puisque les stations hydrologiques et les suivis piézométriques étaient en dehors du bassin versant. Les maîtres d'ouvrage auraient pu s'appuyer sur des observatoires de recherche et des sites expérimentaux locaux.
Concernant les fonctions biochimiques, les maîtres d'ouvrage avaient présenté des résultats ponctuels, sans débit associé, ce qui est très limité en termes de méthodologie, et qui était restreints à deux ou trois campagnes ponctuelles, c'est-à-dire trois données pour caractériser le fonctionnement biochimique, avec des protocoles peu adaptés au fonctionnement hydrologique du bassin versant.
Concernant les fonctions biologiques, seuls 23 relevés phytosociologiques ont été menés, sur une surface totale de 1 200 hectares. C'est trop peu pour caractériser les habitats, comme le prouve la caractérisation de nouvelles espèces depuis.
Concernant les amphibiens, le travail a été considéré comme bien réalisé, mais il n'y a pas eu de caractérisation des autres espèces aquatiques, notamment des quatre espèces de poissons protégées inventoriées à l'aval, qu'il aurait fallu regarder au droit du projet.