L'importance de l'enjeu de biodiversité rend nécessaire la réalisation d'enquêtes faune-flore sur des périodes couvrant une année. Il est clair que plus la réalisation de l'étude d'impact est proche de la réalisation effective des travaux, plus le risque que vous évoquez diminue.
Il arrive que les collectivités territoriales rencontrent ce genre de difficultés : modifier le tracé de leur projet d'infrastructure, c'est modifier le dispositif d'assainissement et de rejet des eaux dans les milieux, donc remettre en cause les dossiers « loi sur l'eau » et « espèces protégées ».
Par ailleurs, à la direction générale des infrastructures, des transports et de la mer, nous sommes extrêmement attachés à l'idée suivante : lorsqu'une opération est déclarée d'utilité publique, c'est au regard d'un bilan global coûts-avantages réalisé sur une zone plus large que le tracé envisagé, ce qui ne préjuge pas d'un approfondissement ultérieur des détails du projet. Cela correspond à la technique des « fuseaux ». Je pense que cette latitude est tout à fait bénéfique en vue d'une optimisation de l'opération. Après tout, si l'on découvre un site archéologique sur la partie Ouest du fuseau, on se rabattra sur la partie Est, sans avoir à fournir une nouvelle étude d'impact ! Avant l'autorisation environnementale unique - nous ne sommes pas tout à fait d'accord avec le commissariat général au développement durable sur ce sujet -, nous avions l'avantage de pouvoir présenter une succession d'autorisations, cohérentes entre elles et répondant aux problèmes au fur et à mesure de l'avancement du projet. Après discussions, nous avons obtenu plus de souplesse dans la mise en oeuvre de l'autorisation environnementale unique. En effet, il est inimaginable que, sur une infrastructure longue de plus de 50 kilomètres, on puisse d'un seul coup présenter un projet définitif qui soit irréprochable sur tous les points. Grâce à quelques mesures plus souples, par exemple, il est possible d'obtenir, pour le déroulement d'un chantier, une autorisation environnementale portant uniquement sur les espèces protégées. C'est le cas lorsque des fouilles archéologiques se révèlent incompatibles avec la préservation d'espèces éventuellement présentes, mais que les zones concernées par le projet n'ont pas encore été définies avec exactitude.
Si le projet est vraiment remis en cause par l'existence d'un enjeu environnemental qui n'avait pas été pris en compte, je ne dispose pas de solution. Pour ce qui est de l'autoroute Le Mans-Laval, à cause du scarabée pique-prune, le chantier a été arrêté un certain temps afin de trouver des solutions alternatives. Il a donc fallu progresser pour faire aboutir l'opération ; mais c'est le risque du maître d'ouvrage. Aujourd'hui, aucune procédure ne garantit contre ce genre de difficulté. Pour évoquer le projet d'aéroport à Notre-Dame-des-Landes, une espèce protégée, le campagnol amphibie, s'est invitée très tardivement dans les discussions...
La question n'est pas seulement celle de l'étude d'impact environnementale. En effet, certains projets ne sont pas soumis à étude d'impact mais nécessite une dérogation sur les espèces protégées.
Le cas qu'a cité Michel Hersemul est celui d'un projet qui s'étale dans la durée parce que l'on ne peut pas faire autrement : après une première étape avec le débat public, intervient la déclaration d'utilité publique ; le projet et les études s'affinent au fur et à mesure. Par conséquent, la démarche d'actualisation de l'étude d'impact permet de traiter l'ensemble des conséquences lorsque cela est possible.