Dans la mesure où des crédits étaient ouverts pour ces PIA, on s'en est aussi clairement servi par le passé pour financer des projets qui ne l'étaient pas par les enveloppes classiques des missions, en procédant à des débudgétisations qui n'ont d'ailleurs pas manqué d'être critiquées par la commission des finances, notamment concernant le réacteur Jules Horowitz.