Le Gouvernement s'applique, depuis l'entrée en vigueur de la loi organique relative aux lois de finances, à garantir l'autonomie budgétaire des autorités indépendantes par l'instauration de bonnes pratiques de gestion telle que l'élaboration d’une convention de gestion entre le responsable de programme et l'autorité, ou encore la mise en place de budgets opérationnels de programme spécifiques.
La nomenclature budgétaire qui sera retenue pour porter les moyens du Défenseur des droits garantira son autonomie budgétaire, comme est garantie celle du Médiateur de la République. L'alinéa introduit par la commission des lois est en contradiction avec les bonnes pratiques que nous instaurons, lesquelles garantissent aux autorités indépendantes qu’elles auront un budget, qu’il sera bien défendu et qu’elles pourront en disposer librement.