Les universités ont connu des réformes successives : l'autonomie financière - sujet sur lequel, à la demande du Sénat, la Cour a produit en 2015 un rapport établissant un bilan plutôt positif - et les fameux regroupements, notamment par le biais des initiatives d'excellence. Au passage, notre préconisation tendant à favoriser l'émergence de 5 à 10 grands CHU s'inscrit dans la logique des initiatives d'excellence : il s'agit non pas d'isoler certains CHU en leur donnant tous les moyens, mais au contraire de favoriser cette émergence dès lors que ces CHU sont des têtes de réseau et font travailler d'autres hôpitaux autour d'eux.
La Cour préconise également de renforcer les relations entre les CHU et les universités, puisque les facultés de médecine jouissent encore d'une certaine autonomie au sein des universités. Le rapport indique bien que la recherche clinique ou la recherche translationnelle doivent s'inspirer des modes d'action et d'évaluation de la recherche fondamentale (appels à projets, évaluation des laboratoires) à l'image de ce que font aujourd'hui l'INSERM ou le CNRS. Ce rapprochement doit être favorisé et accéléré.