L'amendement COM-12 précise les contours des exceptions à la protection du secret des affaires et clarifie la proposition de loi, tout en respectant davantage le texte de la directive. Il redécoupe le texte en introduisant des articles du code spécifiques pour les journalistes, pour les lanceurs d'alerte et pour les représentants des salariés.
Le texte initial de l'alinéa 29 commençait par les mots : « Le secret des affaires n'est pas protégé... », introduisant une source de doute permanent sur les conséquences juridiques de cette absence de protection. Cette non-protection ne vaut que dans le cadre de l'exercice d'actions judiciaires spécifiques. Il était donc préférable d'écrire que le secret des affaires n'est pas opposable, plutôt que pas protégé, dans de tels cas.