Il se trouve, en effet, que les fonds structurels européens correspondent à des compétences réparties entre différents niveaux de collectivités - principalement les conseils régionaux, les conseils généraux et les agglomérations - mais aussi l'État.
Pour prendre un exemple, le Fonds social européen comprend un volet « formation » pouvant soutenir les politiques des conseils régionaux, un volet « inclusion sociale » pouvant contribuer aux interventions des conseils généraux ou des agglomérations, ainsi qu'un volet « emploi » répondant aux priorités de l'État dans ce domaine.
Il n'y a donc pas une collectivité, que ce soit la région ou le département, qui soit pleinement légitime pour gérer localement l'intégralité d'un programme européen. À moins d'un fort consensus local, confier cette mission à un type de collectivité risquerait de conduire à la mise sous tutelle des unes par les autres.