Il y a évidemment un travail de contrôle de l'administration fiscale sur les émetteurs et les récepteurs de dons, comme pour tout contribuable.
Surtout, le compte d'emploi des ressources, qui est obligatoire depuis 1991, doit rendre compte de l'affectation des dons, permettre leur suivi dans le temps, notamment en fin exercice lorsqu'ils n'ont pas été affectés, et être compréhensible pour les non-professionnels de la technique comptable, ce qui ne va pas toujours sans mal... Ce compte retrace obligatoirement trois grandes catégories de dépenses : les missions sociales, les frais de recherche et les frais de fonctionnement de l'association. Il fait l'objet d'une publication pour toutes les associations au-delà de 153 000 euros de dons ou de subventions. Le législateur a souhaité informer et responsabiliser le donateur. Depuis 1991, la Cour des comptes contrôle le compte d'emploi des ressources, afin d'appuyer le donateur dans son action.