Le BRGM évolue sous la tutelle principale du ministère de la recherche qui abonde son budget annuel de 50 millions d'euros, mais également sous celle des ministères de l'écologie, avec une subvention de 30 millions d'euros, et de l'industrie. Pour équilibrer son budget, le BRGM passe des conventions de services. Dans l'enveloppe de 50 millions d'euros du ministère de la recherche, 16 sont consacrés à l'appui aux politiques publiques.
Le BRGM est implanté dans toutes les régions, y compris outre-mer. Environ 200 personnes sont employées par les directions régionales et certaines d'entre elles, comme celle de Guadeloupe dont l'effectif est le double de celui de l'Île-de-France, sont particulièrement étoffées.