La notion de déficit présente des spécificités lorsqu'on l'applique à un établissement public administratif. Il s'agit moins d'une mauvaise gestion de l'ENA que le fait que l'État, pour réduire ses dotations et réaliser des économies, demande aux établissements publics de réduire leur trésorerie sur plusieurs années.
Lorsque les disponibilités de l'ENA seront a minima, l'État ne pourra plus réduire les dotations sans remettre en question l'existence de l'établissement. Il s'agit donc plutôt d'une stratégie financière.