En effet, les seuils fragmentent les cours d’eau, empêchant plus ou moins fortement le déplacement des espèces nécessaire à l’accomplissement de leur cycle de vie. Ils peuvent en outre ralentir les eaux, qui se réchauffent alors plus vite l’été, perdent de l’oxygène et créent des habitats de milieux stagnants favorisant des espèces incompatibles avec le bon état des cours d’eau.
Le développement de la petite hydroélectricité doit donc se faire de façon compatible avec le bon état des cours d’eau, qui est également un objectif de politique publique, au service du développement de la biodiversité.