Afin de limiter les impacts environnementaux, la priorité est donc donnée à l’équipement des seuils existants encore non équipés en hydroélectricité ou à l’amélioration d’installations hydroélectriques existantes.
Le développement de la petite hydroélectricité devra être sélectif et faire l’objet d’une réflexion à l’échelle du cours d’eau sur la proportionnalité des impacts par rapport à la production électrique générée.
C’est pourquoi les nouveaux projets font l’objet d’une instruction et de prescriptions adaptées au titre de la police de l’eau. Par ailleurs, certains cours d’eau font l’objet d’une protection toute particulière en raison de leur sensibilité ou de leur importance environnementale.