Parmi les dispositions pénales et de procédure pénale, l'article 4 était celui qui posait le principal problème. Le Gouvernement souhaitait durcir la répression de l'ensemble des provocations publiques aux actes de terrorisme, tandis que le Sénat avait préféré se concentrer sur celles commises sur Internet, en raison notamment de la nécessité de concilier les dispositifs spéciaux de garde à vue, d'investigation et d'enquête, d'une part, et la protection des libertés publiques, d'autre part. Un compromis a été trouvé avec le rapporteur de l'Assemblée nationale pour revenir au texte initial, tout en aggravant les peines lorsque l'infraction est commise sur Internet. Il faudra revenir plus tard sur la question, qui excède l'objet de ce projet de loi, de l'application à Internet de la loi de 1881 sur la liberté de la presse. Comme l'a souligné le procureur général Marc Robert, la question est aujourd'hui posée de savoir si cette loi est encore adaptée au cas d'Internet.
À l'article 5, qui crée le délit d'entreprise terroriste individuelle, il est proposé d'adopter une nouvelle rédaction plus claire et ne reprenant pas la référence aux « préparatifs logistiques », les différents éléments matériels énumérés dans l'article paraissant suffisants pour caractériser un projet terroriste.