Le budget pour 2021 est contrasté, avec des crédits en hausse grâce au plan de relance, le passage des crédits d'ingénierie de l'ANCT de 10 à 20 millions d'euros, le déploiement des crédits pour les maisons France Services, et enfin la prolongation de deux ans des zones AFR. Il reste toutefois quelques motifs d'inquiétude. D'abord, la suppression de la PAT est regrettée, elle était déjà passée de 20 à 6 millions d'euros. Selon le Gouvernement, les nouvelles politiques relatives aux territoires d'industries suffisent à encourager l'installation d'entreprises, bien que ces derniers ne concernent que 145 communes contre un total de 35 000 sur l'ensemble du territoire.
Ensuite, les crédits du programme 112 baissent de 15 % en AE et de 5 % en CP, bien que le Gouvernement indique que cette diminution sera compensée par le plan de relance. Il faudra donc s'assurer que le programme retrouve le niveau qui était le sien, afin d'éviter cette confusion entre les crédits du plan de relance et les crédits véritablement affectés au programme. Il y a ici un risque pour la visibilité des politiques d'aménagement du territoire.
Par ailleurs, l'articulation des nouvelles instances prévues par la circulaire du Premier ministre sur la mise en oeuvre territorialisée du plan de relance, avec à la fois des comités existants comme l'ANCT et des comités locaux, de cohésion territoriale ou encore régionaux, présente un risque de perte d'efficacité pour les territoires. Néanmoins, la commission émettra un avis favorable, compte tenu des crédits alloués aux territoires dans le plan de relance.