Indispensable, l’évaluation du programme CLAIR implique que chacun des établissements qui le suit signe un contrat d’objectifs avec les autorités académiques. Un accompagnement par les corps d’inspection est ainsi prévu, avec la désignation par le recteur d’un inspecteur d’académie, inspecteur pédagogique régional référent pour chacun des établissements concernés.
Ce programme, pour répondre pleinement à sa vocation, suppose une plus grande autonomie des équipes pédagogiques, seules en mesure d’apporter à des problèmes spécifiques les réponses adaptées.