Cette question constitue le coeur du débat.
L'Union européenne est le résultat d'un traité international qui a été signé et ratifié par des États souverains ; son originalité est que, pour la première fois, des États ont confié à des institutions communes des politiques communes et la capacité de les faire appliquer sous le contrôle de la Cour. Certains domaines relèvent de la compétence exclusive de l'Union, certains autres de la compétence nationale et il y a des domaines de compétence partagée.
Il n'y a ni débordement ni ingérence ; simplement, la CJUE était appelée à interpréter des dispositions communautaires approuvées par tous les États membres : la directive sur la conservation des données et la directive sur le temps de travail. Dans l'arrêt Quadrature du Net, la Cour devait décider jusqu'à quel point cette directive s'appliquait et à partir de quel moment les considérations de sécurité pouvaient s'y opposer. Elle a rendu un jugement équilibré ; elle a même admis que, en cas de menaces graves pour la sécurité nationale, réelles et prévisibles, l'on pouvait conserver les données de manière généralisée et indifférenciée.
Le système évolue sans cesse, au travers notamment du droit dérivé, puisque les directives sont modifiées ou clarifiées. Le débat sur l'équilibre entre les droits fondamentaux et la sécurité est permanent, riche et salutaire, à l'échelle nationale, européenne et mondiale. Il faut se féliciter que l'on ait les instruments et les mécanismes et les institutions permettant de trouver, dans le cadre de la coopération loyale, des solutions équilibrées.