Ainsi que le rappellent non seulement le rapport de la Cour des comptes pour l'année 2006, mais également celui de la mission d'évaluation et de contrôle de la sécurité sociale, les financements des missions d'intérêt général et d'aide à la contractualisation, les MIGAC, sont mal maîtrisés, et ce en raison d'une définition trop imprécise.
Une telle situation entraîne un risque de dérive qui amène la Cour à classer les MIGAC parmi les principales « zones de risques dans les comptes » et la mission d'évaluation et de contrôle de la sécurité sociale à recommander que ces missions soient intégrées autant que possible dans les tarifs des groupes homogènes de séjours, les GHS.
Cette nouvelle rédaction de l'article L. 162-22-13 du code de la sécurité sociale définit de manière plus précise les missions d'intérêt général, d'une part, et les aides à la contractualisation, d'autre part. Ainsi, ces dépenses seront mieux circonscrites aux seules missions ne pouvant faire l'objet d'une autre mode de financement : tarifs de séjours assortis éventuellement d'un coefficient correcteur pour des prises en charge lourdes, forfaits, autres dotations telles que la dotation nationale de développement des réseaux.