La trame verte et bleue, pour être efficace, doit se fonder sur la meilleure connaissance possible de notre patrimoine naturel, laquelle reste aujourd'hui partielle ou inachevée avec l’inventaire des ZNIEFF. L'article 25 de la loi du 3 août 2009 de programmation relative à la mise en œuvre du Grenelle de l'environnement relève à cet égard que « l'efficacité des actions menées en faveur de la biodiversité implique une amélioration de sa connaissance et une mise en cohérence des dispositifs existants. »
La commission de l'économie a précisé que le schéma régional de cohérence écologique était fondé notamment sur l'inventaire national du patrimoine naturel mais aussi sur les inventaires locaux et régionaux mentionnés à l'article L. 411-5 du code de l'environnement. Cependant, cet article ne comporte aucune référence à des inventaires spécifiques pour la trame verte et bleue. Par cohérence, ce texte doit être complété.
Enfin, l'amélioration de la connaissance est aussi un enjeu économique. En effet, la connaissance en amont facilite la prise en compte de la biodiversité et la rend donc moins coûteuse pour les aménagements.