La contractualisation passe par deux niveaux. Un contrat est signé par chaque association, mais c'est une organisation interne à l'enseignement catholique, de structure départementale (le diocèse) ou régionale, qui représente l'interface avec les parties prenantes du département ou de la région. Concernant le CNEAP, nous sommes organisés en régions, avec huit délégués régionaux de l'enseignement agricole privé (DREAP) qui servent d'intermédiaires, d'interfaces et d'instruction des dossiers avec les élus des régions de nos établissements. Les discussions se déroulent essentiellement avec le Conseil régional puisque les départements ne sont pas concernés par le financement des établissements agricoles.
Selon la manière dont les régions envisagent le travail avec l'enseignement privé, elles peuvent dédier une ligne budgétaire distincte pour l'enseignement agricole. Nous nous trouvons alors associés avec les MFR et l'enseignement qui relève de l'Éducation nationale. Elles peuvent aussi opter pour une ligne budgétaire commune et nous nous trouvons alors associés avec les démarches faites entreprises par l'enseignement catholique, l'Éducation nationale et l'enseignement agricole. Par exemple, la Nouvelle Aquitaine fonctionne avec deux lignes distinctes et deux interlocuteurs : l'enseignement catholique Éducation nationale et le CNEAP. Dans d'autres régions, nous avons un seul interlocuteur. Nous nous adaptons aux besoins des collectivités territoriales.