850 passages pour la faune sont présents le long du tracé dont certains passages « grande faune » (PGF) qui traversent les infrastructures par le dessus. Parmi ces 850 passages, 19 viaducs améliorent également la transparence de l'ouvrage dans les vallées. Des ouvrages équipés de banquettes ont également été mis en oeuvre pour le franchissement des cours d'eau. Les banquettes sont de petits escaliers latéraux qui permettent le passage de la faune quel que soit le niveau du cours d'eau. Des dalots ou des buses jalonnent l'ensemble de la ligne. Il s'agit d'ouvrages de petite dimension, de section rectangulaire pour les dalots et circulaire pour les buses, qui traversent le remblai de la ligne de part en part afin d'en assurer la transparence pour la petite faune. Un détail de ces 850 ouvrages pourra vous être transmis.
Ces mesures favorisant la transparence ne sont pas les seules mesures de réduction mises en place puisqu'il en existe 3 grandes catégories. La première, à laquelle sont rattachées les mesures déjà évoquées, vise le maintien de corridors de déplacement pour la faune. La deuxième vise à limiter les atteintes aux habitats aux abords de la ligne. Des mesures de réduction sont également appliquées à l'intérieur des emprises temporairement mobilisées et remises en état à l'issue du chantier. Les pistes nécessaires à la construction des viaducs de la ligne en sont un exemple puisque, recouvertes de géotextiles, elles permettent de retrouver le terrain naturel après démontage.
Des mesures de réductions sont également prises pour la protection des spécimens d'une espèce présents sur les emprises au début des travaux. Des arrêtés « espèces protégées » nous permettent de déplacer ces individus vers des zones refuges situées aux abords des emprises. Des protocoles de pêche, en ce qui concerne les batraciens ou les poissons, ont été mis en place. D'autres protocoles spécifiques aux boisements ont, par exemple, permis la fuite progressive du vison d'Europe présent au sud du tracé. Les emprises ont, par la suite, été fermées de manière hermétique pour éviter que les spécimens ne reviennent sur le chantier. Cette précaution nous permet par la suite d'artificialiser les milieux sans porter atteinte aux espèces.