Il existe un risque accru de contamination en abattage rituel à deux niveaux : soit si l'on perce les intestins ou l'oesophage avec un possible déversement du contenu digestif qui souille la partie basse de la carcasse, soit lorsque l'on enlève la peau. L'abattage rituel doit clairement être pris en compte dans le plan de maîtrise sanitaire des abattoirs qui le pratiquent pour assurer le bien-être animal au moment de la mise à mort et garantir une maîtrise des procédures et des risques par les professionnels eux-mêmes.