En effet, suite à ces recommandations, le préfet nous a interrogés et nous avons pu lui apporter plusieurs éléments de réponse. Nous avons notamment réalisé des analyses d'eau, conformes à la directive-cadre sur l'eau pour trente-trois paramètres chimiques et biologiques. Nous avons aussi réalisé des inventaires sur les espèces invasives et les espèces déterminantes zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF).
Au regard des différentes recommandations, le préfet a souhaité apporter des prescriptions complémentaires aux arrêtés, notamment une majoration de 10 % des unités de compensation pour prendre en compte le facteur d'échec, tel qu'indiqué par le collège des experts scientifiques. Ces prescriptions ont également conduit à définir une traçabilité des unités de compensation, à la fois par bassin versant de masse d'eau et par fonction impactée, afin de répondre à l'incompatibilité avec le SDAGE relevée par les experts. Tout cela a été pris en compte dans les arrêtés préfectoraux.
Nous avons également ajouté, à la demande du préfet, un volet sur un site témoin permettant d'étudier les changements climatiques. L'une des réserves du collège d'experts portait en effet sur la façon dont ces mesures évolueraient pendant les 55 prochaines années compte tenu du changement climatique.