Malheureusement, dans les schémas régionaux de cohérence écologique, les SRCE, on se focalise encore beaucoup sur les ilots de biodiversité que sont les aires protégées. Dans un certain nombre d'endroits, on oublie la biodiversité banale. Ainsi, dans les régions méridionales, où 50 % ou 60 % du territoire est en trame écologique, les trois quarts de ces 50 % ou 60 % sont les actuelles aires protégées - réserves naturelles nationales, réserves nationales de chasse et de faune sauvage, sites Natura 2000.
Il faut bien se concentrer, dans les SRCE, sur la trame écologique entre les ilots de biodiversité.