La loi sur la biodiversité comporte des avancées positives comme l'obligation réelle environnementale, doublée d'une obligation réelle sur le foncier. Elle favorise une meilleure compréhension des enjeux du dilemme entre la rareté du foncier agricole et les besoins fonciers des aménagements. Elle contribue au développement d'une ingénierie écologique. Si la concurrence entre les cabinets d'études est bénéfique, elle peut aussi s'accompagner d'effets pervers, incitant les aménageurs à recourir aux cabinets les moins chers pour mettre en place une compensation à moindre coût. Les mêmes autorités administratives sont compétentes pour l'évitement et la restauration, d'une part, et la compensation d'autre part. Il faudrait séparer.
Cette loi met aussi en avant l'économie agricole non marchande, ce qui implique de revoir l'articulation entre production agricole et production environnementale. Quel cadre fiscal appliquer à une exploitation qui tirerait la plupart de ses revenus de la compensation ? Il importe que le législateur précise le cadre. Se pose aussi la question de la valeur des terres. Les opposants à la compensation affirment que la compensation ponctionne des terres agricoles. Les études en cours montrent plutôt que les terres soumises à compensation ne sont pas celles qui ont une valeur agronomique élevée.