La mesure de la biodiversité en France et de son évolution au cours de la dernière décennie doit être objective. Au-delà des inventaires réalisés par le Muséum national d'histoire naturelle, les grands indicateurs de la stratégie nationale que sont la fragmentation, l'usage de pesticides ou le nombre d'oiseaux sont tous au rouge, plus ou moins foncé. La fragmentation, par exemple, va croissant, en mailles de plus en plus petites et de moins en moins connectées. Parler de compensation sans évoquer la dynamique ERC est problématique.
La compensation est un concept ancien qui, bien qu'ayant fait l'objet d'améliorations successives, demeure un pis-aller. D'une part, on ne sait pas restaurer à l'identique un milieu. D'autre part, la restauration s'effectuant la plupart du temps sur une surface qui possède déjà sa propre biodiversité, celle-ci doit avoir été mesurée au départ pour éviter des pertes trop importantes. Recréer ex nihilo de la biodiversité n'est pas possible. Au total, il y a toujours une perte importante. Certains projets sont compensés sur des zones déjà protégées ou repérées. Dans le sud-est, les mesures de compensation décidées pour des projets lancés dans les années 1980 ou 1990 ne sont souvent mises en oeuvre que partiellement, voire pas du tout, et nos alertes sur ce point sont ignorées par les directions régionales de l'environnement, de l'aménagement et du logement (DREAL). Deux autres problèmes de fond doivent être soulevés. Alors que la mise en oeuvre des séquences éviter et réduire suffirait souvent, les enjeux économiques priment et l'on renonce à cantonner un projet sur un secteur moins sensible. Cela nous conduit à l'autre problème de fond : l'instance qui autorise est aussi celle qui évalue.