C'est l'ambigüité commune à ce genre de fiscalité environnementale. Il y a dans cette taxe une double dimension : la compensation demandée aux transporteurs routiers pour les externalités négatives de leurs activités, le prélèvement pour financer les infrastructures alternatives. Le niveau de la taxe et l'assiette reflètent un arbitrage. Le curseur a été placé à 3,5 tonnes ; la liste des routes taxables a été étendue à la demande des collectivités territoriales, qui avaient évidemment des objectifs financiers et invoquaient l'argument d'un probable report de charge. Certaines demandaient à bénéficier non seulement de l'écotaxe prélevée sur leurs routes départementales, mais aussi sur les routes nationales dans leur département.
Quant à la transformation de l'écotaxe en une taxe douanière, le recouvrement relevait bien des douanes, mais l'administration des transports a aussi joué un rôle important, notamment dans la définition de la base taxable, et dans la discussion qu'elle impliquait avec les collectivités territoriales. Chacun a eu sa place.