Le partenariat est au coeur de la mise en oeuvre de ces fonds. Les autorités de gestion en France, l'État puis les régions, ont intégré cette dimension partenariale dans la conception du programme et la prise de décisions. Actuellement, les régions se concertent avec leurs partenaires sur les territoires pour la prochaine programmation. Elles identifient les besoins et proposent des orientations. Une fois que ces dernières sont prises, une animation technique se met en place : des conférences thématiques, fonds par fonds, précisant ce qu'il est possible de financer avec tel fonds, le fonctionnement de celui-ci, le calendrier, le lancement de l'appel à projets.
Ces étapes s'effectuent en respectant des règles de transparence et de publicité prévues par le règlement européen. Si les autorités de gestion ne s'y conforment pas, les autorités d'audit peuvent être amenées à leur rappeler leurs obligations.
Les candidats déposent ensuite un dossier pour bénéficier d'un financement européen, et après avoir collecté un certain nombre de dossiers, un comité partenarial est réuni.