Les transferts de personnels ont été réalisés sur des bases historiques, c'est-à-dire sur la base du nombre d'agents chargés de ces tâches au sein des services de l'État. Certaines régions ont reçu peu d'équivalents temps plein (ETP) et ont dû compléter leurs effectifs.
Même dans le meilleur des cas, à savoir celui du FEDER, les équipes des préfectures qui géraient les fonds au cours de la programmation précédente n'étaient pas assez nombreuses pour prendre en charge la règlementation particulièrement complexe de l'actuelle programmation. Les équipes transférées se sont révélées insuffisantes sur l'ensemble des fonds, même lorsque le transfert a été réalisé correctement.