Les réserves naturelles sont, par nature, moins concernées par les grands aménagements. Pour autant, elles sont régulièrement concernées par d'autres types de travaux qui impliquent des compensations - entretien de barrages hydro-électriques, pistes forestières, digues de protection contre la mer notamment. Leurs gestionnaires sont alors associés à la mise en oeuvre de la séquence ERC et dialoguent avec le maître d'ouvrage.
Le plus souvent, les réserves naturelles sont indirectement concernées pour des espaces externes à l'espace protégé. A ce titre, elles sont consultées par l'autorité administrative en tant qu'expert.
Les réserves naturelles peuvent également être bénéficiaires de mesures compensatoires liées aux infrastructures. Ces mesures compensatoires peuvent conduire à renforcer les mesures de protection sur des espaces qui ont un lien de fonctionnalité avec les réserves naturelles.