L'expérience de nos conservatoires ne nous permet pas de dégager d'appréciation générale sur la façon dont nous sommes associés au choix des sites de compensation. Les choses se font au cas par cas : dans certaines situations, les sites sont déjà définis dans l'arrêté ; dans d'autres cas, c'est le porteur des mesures qui propose les sites, qui sont ensuite validés par l'autorité environnementale.
Le critère de proximité est relativement important. Un ouvrage a un impact local sur la biodiversité : il détruit un écosystème ou induit une perte de fonctionnalité ; il conduit à la disparition ou à la fragmentation de certaines populations d'espèces. La compensation doit donc se faire à proximité de l'ouvrage afin de préserver les espèces et d'agir sur des milieux écologiques présentant des caractéristiques relativement comparables. De plus, compenser à proximité permet d'éviter d'avoir des territoires qui seraient été entièrement sacrifiés en raison des aménagements qui y sont réalisés.