Pour être efficace, la compensation doit respecter les principes de cohérence écologique, de proximité géographique et d'acceptabilité locale. Dans ce but, il pourrait être utile de travailler, à une échelle territoriale cohérente, à des schémas de planification permettant de croiser les projets d'aménagements envisagés sur plusieurs années et les sites de compensation qui pourraient être mobilisés. Cette planification viendrait à l'appui de la concertation avec les acteurs locaux et permettrait d'anticiper de futures acquisitions foncières.
Le devenir des mesures de compensation est une question cruciale. Rien n'étant prévu une fois écoulée la durée fixée par les arrêtés, des sites de compensation pourraient être radicalement transformés, ce qui entraînerait la perte du gain de biodiversité obtenu au préalable. De plus, aucun mécanisme de cession ne semble mis en oeuvre pour garantir la vocation environnementale des terrains concernés.