Une des lacunes pointées au cours des auditions concerne précisément la question d'une autorité de contrôle. Les entreprises disent elles-mêmes qu'elles ont besoin d'une autorité pour les accompagner et les conseiller. On pourrait envisager une autorité européenne, mais cela soulève des difficultés au regard du principe de subsidiarité. La Commission a donc retenu le principe d'autorités nationales de contrôle. Pour l'essentiel, il s'agira d'autorités qui existent déjà. La directive prévoit en outre un échelon de mutualisation européen pour éviter des distorsions et favoriser la coopération.