Pour la programmation 2014-2020, la France a choisi une mise en oeuvre décentralisée du FEADER, accompagnée d'un cadrage national. Il existe ainsi vingt-sept programmes de développement rural régionaux mis en place par chaque autorité de gestion. Toutefois, 6 % du FEADER demeurent sous la responsabilité du ministère de l'agriculture et de l'alimentation pour financer le programme spécifique du réseau rural national et le programme national de gestion des risques et d'assistance technique. Le cadrage national figure dans un document, validé par la Commission européenne en juillet 2015, précisant le contenu des vingt-et-un programmes régionaux de France métropolitaine en matière d'installation des jeunes agriculteurs, de protection des troupeaux contre la prédation, de mesures agro-environnementales et climatiques, d'aide à l'agriculture biologique et d'ICHN. Il comprend également des dispositifs liés à Natura 2000, politique du ressort du ministère en charge de l'environnement. Les cinq programmes de développement régionaux ultramarins et celui de la Corse ne sont pas soumis au cadre national. Les autorités de gestion négocient directement avec la Commission européenne et sont responsables de la mise en oeuvre, de l'instruction des dossiers au paiement, du suivi et de l'évaluation des dispositifs.
L'ASP constitue l'organisme payeur du FEADER, agréé par la Commission européenne, sauf pour la Corse, où la mission est dévolue à l'Office du développement agricole et rural de Corse (ODARC). L'Agence est garante vis-à-vis de la Commission européenne de la régularité et de la conformité des paiements réalisés au droit européen et national, sous le contrôle de la Commission de certification des comptes des organismes payeurs des dépenses financées par les fonds européens agricoles (CCCOP). L'ASP est responsable des systèmes d'information Isis et Osiris.
Enfin, le ministère de l'agriculture et de l'alimentation, bien que n'étant plus l'autorité de gestion pour la majorité des programmes, demeure l'autorité de coordination des politiques de développement rural. À ce titre, il rédige et négocie le cadre national avec la Commission européenne. Il est le cofinanceur unique de certaines mesures du FEADER, comme l'installation des jeunes agriculteurs ou l'ICHN, finance les systèmes d'information et se pose comme garant de la protection des intérêts financiers de l'Union européenne vis-à-vis de la Commission européenne.