Quel que soit le vaccin, il n'y a pas eu d'effets indésirables signalés différents de ceux qui étaient attendus. En réponse à M. François Autain, président, M. Louis Merle a précisé qu'il ne semblait pas que ces vaccins aient eu des effets secondaires spécifiques, même si l'on doit attendre pour en être certain d'avoir le recul nécessaire.
Le Pandemrix a été à l'origine de nombreux problèmes locaux, de douleurs au lieu de l'injection, au niveau du muscle deltoïde de l'épaule, douleurs qui ont pu durer longtemps et qui étaient parfois inquiétants. Pour le Panenza, il a plutôt été observé des manifestations fébriles chez des enfants qui ont eu de la fièvre ou ont convulsé.
Il y a eu vingt-et-un décès constatés dans la semaine ou la dizaine de jours ayant suivi la vaccination. Ce nombre peut paraître important. En fait, il peut statistiquement être considéré comme très faible, au regard du nombre de personnes vaccinées (5,7 millions de personnes) et du nombre de décès annuel dans l'ensemble de la population (600.000 par an en France) : statistiquement, il y aurait pu y avoir 929 décès sur une semaine parmi la population vaccinée.
Ces décès sont survenus chez des personnes en mauvaise santé, des personnes fragiles, qui avaient des pathologies sérieuses expliquant leur décès. Les décès enregistrés n'ont donc rien d'inquiétant.
Mais une autre catégorie doit aussi retenir l'attention : les décès d'enfants de femmes enceintes. Quelque 100 000 femmes enceintes ont été vaccinées, essentiellement avec le vaccin Panenza sans adjuvant. Treize enfants sont morts in utero, en moyenne à sept mois : il s'agissait donc de grossesses avancées.
Là aussi, on peut estimer que ce chiffre, qui paraît élevé, ne l'est pas, au regard du taux de décès in utero (4 pour 1.000) constaté dans la population générale de femmes enceintes.