L'ensemble des infrastructures de transport peut avoir une incidence sur les milieux aquatiques.
Les infrastructures routières et ferroviaires sont généralement implantées dans les fonds de vallée, et peuvent engendrer des nuisances sur les cours d'eau ou sur leurs milieux associés, comme les annexes fluviales ou les zones humides riveraines.
Le transport fluvial ou maritime a un impact direct sur le cours d'eau.
Les milieux aquatiques sont particulièrement sensibles au développement des infrastructures de transport, ce qui justifie l'ajout d'une prise en compte particulière dans cet article.