Depuis la loi de financement de la sécurité sociale pour 1999, le point de départ de la prescription a été modifié avec l'introduction d'un « certificat médical établissant le lien possible entre la maladie et l'activité professionnelle ».
La date de ce certificat est assimilée à la date de l'accident de travail et fixe en même temps le point de départ des prestations. Il en résulte que nombre de maladies professionnelles, en particulier les troubles musculo-squelettiques, mais aussi les asthmes, ne sont pris en charge que tardivement, quand la victime effectue la déclaration avec le certificat.
La volonté du législateur n'était certainement pas de réduire de façon implicite la réparation due aux victimes de maladies professionnelles, mais de réparer une injustice liée à un problème de prescription.
Malheureusement, une discrimination injustifiable s'est instaurée entre les victimes de maladies professionnelles et d'accidents du travail, qui bénéficient de deux ans à compter du fait générateur pour en effectuer la déclaration.
En cas de reconnaissance du caractère professionnel de l'accident, la caisse primaire d'assurance maladie procède bien à la régularisation des prestations à compter de la date de l'accident et non du dépôt de la demande.
En outre, un principe constant en matière d'indemnisation, notamment en droit commun et en droit de la sécurité sociale, veut que la victime qui respecte le délai de prescription bénéficie d'une indemnisation à compter de la date de la survenue du dommage.
Cette situation contribue fortement au transfert de charge sur la branche maladie puisque, au minimum, la totalité du coût du diagnostic des maladies professionnelles lui incombe.
Il conviendrait donc de bien distinguer, d'une part, la date de la première constatation médicale de la maladie, qui est celle de la survenue du dommage et qui doit correspondre à la date du début de prise en charge des soins et des indemnités- c'est d'ailleurs cette date qui est mentionnée dans le formulaire de déclaration permettant l'application du délai de prise en charge -, d'autre part, la date du certificat établissant le lien possible entre la pathologie et l'activité professionnelle, qui fixe le point de départ de la prescription puisqu'il s'agit du moment où la personne a connaissance du lien avec sa situation de travail.