Sur le plan écologique, tant la Commission européenne que le Conseil d’État ont estimé que ce projet d’aménagement était conforme et, surtout, qu’il respectait l’environnement fragile du marais poitevin.
Depuis, Jean-Louis Borloo a demandé à la Ligue pour la protection des oiseaux, la LPO, de faire une nouvelle étude pour vérifier notamment la compatibilité avec les objectifs du développement durable.