La TGAP à la tonne sur l'incinération étant une proposition de taxe nouvelle, sa mise en œuvre ne devrait pas donner lieu à taxation au titre de la TVA, notamment pour les entités non assujetties à celle-ci ou qui ne sont pas en mesure de la récupérer dans sa totalité, comme c’est le cas pour la plupart des collectivités territoriales et de leurs établissements publics.