S'agissant du sous-amendement n° 371 rectifié, même si l'on comprend l'objet de ce dispositif, qui tend à permettre le classement de portions de cours d'eau considérées comme des réservoirs biologiques, il serait difficile d'appliquer ces critères dans les décisions établies par les autorités administratives déconcentrées. En outre, les critères de classement de cours d'eau fixés par le projet de loi permettent déjà de protéger ceux qui sont en bon état. Il n'est donc pas nécessaire d'en ajouter de nouveaux. La commission émet donc un avis défavorable.
Sur le sous-amendement n° 668, la commission émet également un avis défavorable, car il convient de maintenir cette notion de protection complète des poissons migrateurs dans les cours d'eau classés, afin de parvenir au bon état écologique des eaux en 2015.
En ce qui concerne le sous-amendement n° 670, les critères qui sont proposés pourraient conduire au classement d'un très grand nombre de cours d'eau, voire de leur totalité, puisque toute activité a un impact sur la valeur patrimoniale du peuplement piscicole. L'avis de la commission est donc défavorable.
Pour ce qui est du sous-amendement n° 671, la notion de biodiversité aquatique est trop large pour fonder une politique de classement des cours d'eau. La commission a préféré en rester aux critères retenus par le projet de loi. Elle émet donc un avis défavorable.
S'agissant du sous-amendement n° 372 rectifié, par cohérence avec l'avis qu'elle a émis sur le sous-amendement n° 371 rectifié, la commission émet un avis défavorable.
En revanche, la commission émet un avis favorable sur le sous-amendement n° 328, qui tend à revenir à la rédaction initiale du projet de loi sur les objectifs de classement des cours d'eau.
En ce qui concerne le sous-amendement n° 329, la commission est partagée. En effet, elle est sensible aux arguments avancés par les auteurs du sous-amendement, selon lesquels l'énergie hydraulique qui pourrait être perdue par l'application des dispositions du présent projet de loi doit être compensée par la production d'énergie thermique, qui est génératrice de gaz à effet de serre. Toutefois, dans la mesure où il n'est pas certain que les règles de gestion et les équipements qui seraient rendus obligatoires pour les ouvrages hydrauliques situés sur ces cours d'eau entraînent des pertes de production, la commission estime que cette précision ne se justifie pas. Elle demande donc le retrait de ce sous-amendement.
L'idée qui sous-tend le sous-amendement n° 330 rectifié est loin d'être inintéressante, mais je crains que la mesure proposée ne relève pas du domaine législatif. En outre, un tel dispositif risque d'être difficile à mettre en oeuvre. Je m'en remets donc à la sagesse du Sénat.
S'agissant de l'amendement n° 331, je suis favorable à la précision proposée, mais cet amendement est incompatible avec l'amendement n° 9 rectifié de la commission. En conséquence, il conviendrait, monsieur Le Grand, que vous le transformiez en sous-amendement à l'amendement n° 9 rectifié de la commission.
Quant à l'amendement n° 538, comme je l'ai déjà expliqué à l'article 2, il convient de renforcer la protection de certaines espèces migratrices en voie de disparition et non pas celle de l'ensemble des poissons migrateurs. La commission sollicite donc le retrait de cet amendement. A défaut, elle émettra un avis défavorable.