Quant aux comités locaux devant être constitués dans chaque région, ils sont censés délibérer sur les priorités du fonds à l'échelon régional, les décisions de financement des projets en région et l'utilisation des crédits alloués par le comité national. Leur mise en place, encore non effective, est donc indispensable pour faire remonter au comité national les projets des employeurs et pour contrôler les dépenses sur les projets que le comité national a décidé de financer.
S'agissant des sommes collectées, elles sont réparties en trois sections correspondant à chacune des fonctions publiques. Un décloisonnement relatif des financements serait utile, aussi bien pour lancer des actions communes à plusieurs fonctions publiques que pour mettre en place, en partenariat avec l'AGEFIPH, des actions tournées vers les salariés du secteur privé et les agents des trois fonctions publiques.
Il serait notamment utile de pouvoir mobiliser une partie de ces fonds pour réaliser des études ou des audits dans les administrations ou les établissements, afin d'évaluer les besoins des personnes handicapées et les diverses solutions permettant le maintien dans l'emploi, ainsi que pour réaliser des actions de sensibilisation des directions des ressources humaines et des agents de la fonction publique sur l'emploi des personnes handicapées en milieu ordinaire de travail.
De même, le réseau Cap Emploi, financé par l'AGEFIPH, qui oriente déjà des travailleurs handicapés vers la fonction publique, pourrait être utilisé par les fonctions publiques, le fonds pouvant payer des prestations de services.
L'étanchéité des frontières entre secteurs public et privé n'est donc pas favorable à l'emploi des travailleurs handicapés.