Le bail environnemental, introduit par la loi du 20 janvier 2006, peut être mis en œuvre sur des territoires qui font l'objet de prescriptions environnementales – périmètre de protection des captages d'eau, zone de prévention des risques naturels, notamment. Ces prescriptions s'imposent à tous les exploitants, qu'ils soient propriétaires, exploitants ou fermiers. Le bail environnemental permet de les traduire dans les contrats de location.
Le projet de loi prévoit d’étendre le champ d'application du bail environnemental aux périmètres couverts par les futures trames vertes et bleues, ainsi que sur les territoires des parcs naturels régionaux, les PNR, alors qu'il n'existe pas de prescriptions environnementales contraignantes sur ces territoires.
Créées par la future loi dite « Grenelle II », les trames vertes et bleues se veulent être un outil de « préservation, de gestion et de remise en bon état des milieux nécessaires aux continuités écologiques, tout en prenant en compte les activités humaines, notamment agricoles, en milieu rural ». Quant aux chartes des PNR, elles n’ont aucune vocation incitative.
La conclusion de baux environnementaux sur ces territoires va conduire à imposer des restrictions au droit d’exploiter des agriculteurs en fermage que n'auront pas les exploitants en faire-valoir direct, créant une inégalité de traitement entre agriculteurs.
Il est par ailleurs difficilement compréhensible que soit ajoutée une nouvelle strate au zonage environnemental applicable au statut du fermage, alors qu’aucun bilan n’a été réalisé de la mise en place du bail environnemental depuis 2006.