Le Gouvernement émet un avis défavorable. La volonté du Gouvernement est de renforcer l'autonomie des universités, mais pas de donner le statut d'établissement à leurs composantes, ce qui reviendrait à démanteler les universités d'aujourd'hui.
De plus, il y aurait un véritable problème de taille critique : les professeurs des UFR visés sont déjà recrutés par le concours de l'agrégation, qui n'est nullement mis en cause. Ce concours est protégé par le fait que l'avis défavorable du président sur les affectations ne s'appliquera pas à la nomination à la suite dudit concours.