Le traité de Lisbonne substitue une présidence stable, exercée à plein-temps, à la présidence semestrielle tournante instaurée par le traité de Rome.
La pondération des droits de vote entre les États disparaît. Pour réunir une majorité qualifiée, un vote devra rassembler au moins 55 % des États membres représentant au moins 65 % de la population. Ce système dit de « la double majorité » règle le différend qui a si longtemps opposé petits et grands États. Il fait droit tout à la fois au principe démocratique de la représentation proportionnelle des populations et à celui de l'égalité entre les États, qu'ils soient petits ou grands.
À partir de 2014, l'effectif de la Commission européenne sera réduit d'un tiers, soit dix-huit commissaires dans une Union à vingt-sept.
Le Haut représentant pour les affaires étrangères et la politique de sécurité, qui, à la demande du Royaume-Uni, ne portera pas le titre de « ministre des affaires étrangères de l'Union », sera désigné à la majorité qualifiée par le Conseil européen. Il cumulera cette fonction avec les attributions de commissaire européen chargé des relations extérieures, et il sera en outre chargé de coordonner les autres aspects de l'action extérieure de l'Union européenne. Il aura rang de vice-président de la Commission européenne.
Le Haut représentant pour les affaires étrangères et la politique de sécurité disposera d'un « service européen pour l'action extérieure » - on n'a pas voulu l'appeler « service diplomatique -, qui rassemblera sous son autorité les services extérieurs de la Commission européenne, du Secrétaire général du Conseil européen ainsi que des membres des services diplomatiques des États.
Le traité de Lisbonne reprend les dispositions antérieures sur les coopérations renforcées et introduit la possibilité de créer, dans le domaine de la défense, ce que l'on appelle des « coopérations structurées permanentes » - il faut excuser cette logomachie bruxelloise !